Fragpipe固定修饰和酶解

在自己的机子上看fragpipe的固定修饰的mass delta，C-Term Protein和N-Term Protein均是默认0，C(cysteine)默认57.02146。但在另一台机子上，C-Term Protein和N-Term Protein分别默认为-0.984016，216.04225，应该和蛋白质末端残基有关。另外在可变修饰，两台机子装的fragpipe提供的示例种类也有区别，

Wis4e

593人浏览 · 2024-10-23 15:02:50

Wis4e · 2024-10-23 15:02:50 发布

在自己的机子上看fragpipe的固定修饰的mass delta，C-Term Protein和N-Term Protein均是默认0，C(cysteine)默认57.02146。但在另一台机子上，C-Term Protein和N-Term Protein分别默认为-0.984016，216.04225，应该和蛋白质末端残基有关。虽然因为蛋白质末端占的比重不大，这种默认参数上的差异影响不大，不过记录一下。

另外在可变修饰，两台机子装的fragpipe提供的示例种类也有区别，总结有：nE, nQnC，n^，[^,KR 6.020129,值得注意的是*可以指代任何氨基酸

更应该注意的是，搜库时要考虑前处理是否做了还原烷基化，相应地更改固定修饰中的C(cysteine) mass delta

酶解参数设置上，Setting the Parameters · Nesvilab/MSFragger Wiki · GitHub 可参照，提供了酶的名称和裂解规则。

对于enzyme name，github上介绍对于“非特异性搜索，请使用 nonspecific 作为酶名”；同时，只要下拉选择load rules，就会自动匹配酶名。

不过需要考虑的是，1. NULL和nonspecific的区别？2. 什么情况下应该更改默认的 “Clip N-term M”【Trim protein N-terminal 甲硫氨酸作为可变修饰】？

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